Table 1 Primers used for PCR amplification

Salmonella spp. detection primer sets

 stn-F

5′-CTTTGGTCGTAAAATAAGGCG-3′

 stn-R

5′-TGCCCAAAGCAGAGAGATTC-3′

 hut-F

5′-ACTGGCGTTATCCCTTTCTCTGCTG-3′

 hut-R

5′-ATGTTGTCCTGCCCCTGGTAAGAGA-3′

16S rRNA primer set

 27F

5′-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3′

 1492R

5′-TACGGTTACCTTGTTACGACTT-3′

Antimicrobial resistance gene primer sets

 Quinolones

  qnrA-F

5′-TTCAGCAAGAGGATTTCTCA-3′

  qnrA-R

5′-GGCAGCACTATTACTCCCAA -3′

  qnrB-F

5′-CCTGAGCGGCACTGAATTTT-3′

  qnrB-R

5′-GTTTGCTGCTCGCCAGTCGA-3′

  qnrC-F

5′-GGGTTGTACATTTATTGAATC-3′

  qnrC-R

5′-TCCACTTTACGAGGTTCT-3′

  qnrD-F

5′-TTACGGGGAATAGAGTTA-3′

  qnrD-R

5′-AATCAGCCAAAGACCAAT-3′

  qnrS-F

5′-ACATAAAGACTTAAGTGATC-3′

  qnrS-R

5′-CAATTAGTCAGGATAAAC-3′

  qepA-F

5′-CCAGCTCGGCAACTTGATAC-3′

  qepA-R

5′-ATGCTCGCCTTCCAGAAAA-3′

  oqxA-F

5′-CTCGGCGCGATGATGCTC-3′

  oqxA-R

5′-CACTCTTCACGGGAGACGA-3′

  oqxB-F

5′-TTCTCCCCCGGGGGGAAGTCCTCGGC-3′

  oqxB-R

5′-CATTTTGGCGCGTA-3′

 Aminoglycosides

  aac(6′)-Ib-F

5′-TTGCGATGCTCTATGAGTGGCTA-3′

  aac(6′)-Ib-R

5′-CTCGAATGCCTGGCGTGTT-3′

  aadA1-F

5′-GCGCCATCTCGAACCGACGTT-3′

  aadA1-R

5′-GCCCAGTCGGCAGCGACATC-3′

 Sulfonamides

  sul1-F

5′-TGGCGTCGCGACTGCGAAAT-3′

  sul1-R

5′-TGGTGACGGTGTTCGGCATTCT-3′

  sul2-F

5′-GTTTCTCCGATGGAGGCCGGT-3′

  sul2-R

5′-AGCGAGGTTTCGGGAGCAGC-3′

 Trimethoprim

  dfrA1-F

5′-AGTGCCAAAGGTGAACAGCTCCT-3′

  dfrA1-R

5′-ACATCACCTTCCGGCTCGATGTCT-3′

 β-lactamase

  bla_OXA-1-F

5′-ATGAAAAACACAATACATATC-3′

  bla_OXA-1-R

5′-AATTTAGTGTGTTTAGAATGG-3′

  bla_PSE-1-F

5′-CGCTTCCCGTTAACAAGTAC-3′

  bla_PSE-1-R

5′-CTGGTTCATTTCAGATAGCG-3′

  bla_TEM-F

5′-ATAAAATTCTTGAAGACGAAA-3′

  bla_TEM-R

5′-GACAGTTACCAATGCTTAATC-3′

  Bla_CMY-2-F

5′-TGGCGGTTGCCGTTATCTAC-3′

  Bla_CMY-2-R

5′-CCCGTTTTATGCACCCATGA-3′

 Tetracyclines

  tetA-F

5′-TGGTCCGGAGGCCAGACGTG-3′

  tetA-R

5′-TTCCGAGCATGAGTGCCCGC-3′

  tetB-F

5′-GGAGCTACTGGGGCTGTCGCACC-3′

  tetB-R

5′-ACCCACACCGTTGCGGGAAT-3′

  tetG-F

5′-TCTTGCAGGAGCCGCAGTCGAT-3′

  tetG-R

5′-GGCCGGCATGCCAACACCC-3′

 Chloramphenicols

  catA1-F

5′-TCTTGCCCGCCTGATGAATGC-3′

  catA1-R

5′-AACCTGAATCGCCAGCGGCA-3′

  floR-F

5′-AACCCGCCCTCTGGATCAAGTCAA-3′

  floR-R

5′-CAAATCACGGGCCACGCTGTATC-3′

Virulence gene primer sets

  mogA-F

5′-ATTGGCTTAGTTTCTATCTCCG-3′

  mogA-R

5′-CCTTCCAGCGTTTCTTTGA-3′

  pvB-F

5′-CCGTAGAGCAGACGCTGTAAGC-3′

  spvB-R

5′-GTATCTATGAGTTGAGTACCCCTATG-3′

  spvC-F

5′-CCGCAAAGTAGTGCATCTAAAC-3′

 spvC-R

5′-CCATACTTACTCTGTCATCAAACG-3′