TY - JOUR AU - Alzahal, O. AU - Dionissopoulos, L. AU - Laarman, A. H. AU - Walker, N. AU - Mcbride, B. W. PY - 2014 DA - 2014// TI - Active dry Saccharomyces cerevisiae can alleviate the effect of subacute ruminal acidosis in lactating dairy cows JO - J Dairy Sci VL - 97 UR - https://doi.org/10.3168/jds.2014-8212 DO - 10.3168/jds.2014-8212 ID - Alzahal2014 ER - TY - JOUR AU - Aronesty, E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Comparison of sequencing utility programs JO - Open Bioinform J VL - 7 UR - https://doi.org/10.2174/1875036201307010001 DO - 10.2174/1875036201307010001 ID - Aronesty2013 ER - TY - JOUR AU - Bao, Z. AU - Okubo, T. AU - Kubota, K. AU - Kasahara, Y. AU - Tsurumaru, H. AU - Anda, M. AU - Ikeda, S. AU - Minamisawa, K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Metaproteomic identification of Diazotrophic Methanotrophs and their localization in root tissues of field-grown rice plants JO - Appl Environ Microbiol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00969-14 DO - 10.1128/AEM.00969-14 ID - Bao2014 ER - TY - JOUR AU - Belanche, A. AU - Doreau, M. AU - Edwards, J. E. AU - Moorby, J. M. AU - Pinloche, E. AU - Newbold, C. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Shifts in the rumen microbiota due to the type of carbohydrate and level of protein ingested by dairy cattle are associated with changes in rumen fermentation JO - J Nutr VL - 142 UR - https://doi.org/10.3945/jn.112.159574 DO - 10.3945/jn.112.159574 ID - Belanche2012 ER - TY - JOUR AU - Chaucheyras-Durand, F. AU - Fonty, G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Establishment of cellulolytic bacteria and development of fermentative activities in the rumen of gnotobiotically-reared lambs receiving the microbial additive Saccharomyces cerevisiae CNCM I-1077 JO - Reprod Nutr Dev VL - 41 UR - https://doi.org/10.1051/rnd:2001112 DO - 10.1051/rnd:2001112 ID - Chaucheyras-Durand2001 ER - TY - JOUR AU - Enemark, J. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - The monitoring, prevention and treatment of sub-acute ruminal acidosis (SARA): a review JO - Vet J VL - 1997 UR - https://doi.org/10.1016/j.tvjl.2007.12.021 DO - 10.1016/j.tvjl.2007.12.021 ID - Enemark2008 ER - TY - JOUR AU - Fernando, S. C. AU - Purvis, H. T. AU - Najar, F. Z. AU - Sukharnikov, L. O. AU - Krehbiel, C. R. AU - Nagaraja, T. G. AU - Roe, B. A. AU - Desilva, U. PY - 2010 DA - 2010// TI - Rumen microbial population dynamics during adaptation to a high-grain diet JO - Appl Environ Microbiol VL - 76 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00388-10 DO - 10.1128/AEM.00388-10 ID - Fernando2010 ER - TY - CHAP AU - Fliegerova, K. a. t. e. r. i. n. a. AU - Kaerger, K. e. r. s. t. i. n. AU - Kirk, P. a. u. l. AU - Voigt, K. e. r. s. t. i. n. PY - 2015 DA - 2015// TI - Rumen Fungi BT - Rumen Microbiology: From Evolution to Revolution PB - Springer India CY - New Delhi UR - https://doi.org/10.1007/978-81-322-2401-3_7 DO - 10.1007/978-81-322-2401-3_7 ID - Fliegerova2015 ER - TY - JOUR AU - Hall, M. B. AU - Mertens, D. R. PY - 2017 DA - 2017// TI - A 100-year review: carbohydrates-characterization, digestion, and utilization JO - J Dairy Sci VL - 100 UR - https://doi.org/10.3168/jds.2017-13311 DO - 10.3168/jds.2017-13311 ID - Hall2017 ER - TY - JOUR AU - Hibbett, D. S. AU - Binder, M. AU - Bischoff, J. F. AU - Blackwell, M. AU - Cannon, P. F. AU - Eriksson, O. E. AU - Huhndorf, S. AU - James, T. AU - Kirk, P. M. AU - Lücking, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - A higher-level phylogenetic classification of the Fungi JO - Mycol Res VL - 111 UR - https://doi.org/10.1016/j.mycres.2007.03.004 DO - 10.1016/j.mycres.2007.03.004 ID - Hibbett2007 ER - TY - BOOK AU - Hobson, P. N. AU - Stewart, C. S. PY - 1997 DA - 1997// TI - The rumen microbial ecosystem PB - Springer CY - Netherlands UR - https://doi.org/10.1007/978-94-009-1453-7 DO - 10.1007/978-94-009-1453-7 ID - Hobson1997 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. H. AU - Beier, S. AU - Flade, I. AU - Gorska, A. AU - El-Hadidi, M. AU - Mitra, S. AU - Ruscheweyh, H. J. AU - Tappu, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - MEGAN community edition—interactive exploration and analysis of large-scale microbiome sequencing Data JO - PLoS Comput Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004957 DO - 10.1371/journal.pcbi.1004957 ID - Huson2016 ER - TY - JOUR AU - Kamke, J. AU - Kittelmann, S. AU - Soni, P. AU - Li, Y. AU - Tavendale, M. AU - Ganesh, S. AU - Janssen, P. H. AU - Shi, W. AU - Froula, J. AU - Kawasaki, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Studies on thiaminase of fungi JO - J Vitaminol VL - 14 ID - Kamke2010 ER - TY - JOUR AU - Kamke, J. AU - Kittelmann, S. AU - Soni, P. AU - Li, Y. AU - Tavendale, M. AU - Ganesh, S. AU - Janssen, P. H. AU - Shi, W. AU - Froula, J. AU - Rubin, E. M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Rumen metagenome and metatranscriptome analyses of low methane yield sheep reveals a Sharpea-enriched microbiome characterised by lactic acid formation and utilisation JO - Microbiome VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-016-0201-2 DO - 10.1186/s40168-016-0201-2 ID - Kamke2016 ER - TY - JOUR AU - Kumar, S. AU - Indugu, N. AU - Vecchiarelli, B. AU - Pitta, D. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - Associative patterns among anaerobic fungi, methanogenic archaea, and bacterial communities in response to changes in diet and age in the rumen of dairy cows JO - Front Microbiol VL - 6 ID - Kumar2015 ER - TY - JOUR AU - Li, X. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - Degradation of lignocellulosic biomass by enzymes from anaerobic fungi JO - Abstr Pap Am Chem S VL - 225 ID - Li2003 ER - TY - JOUR AU - Li, H. Z. R. AU - Ruan, J. AU - Qian, W. AU - Fang, X. AU - Shi, Z. AU - Li, Y. AU - Li, S. AU - Shan, G. AU - Kristiansen, K. AU - Li, S. AU - Yang, H. AU - Wang, J. AU - Wang, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - De novo assembly of human genomes with massively parallel short read sequencing JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.097261.109 DO - 10.1101/gr.097261.109 ID - Li2010 ER - TY - JOUR AU - Liggenstoffer, A. S. AU - Youssef, N. H. AU - Couger, M. B. AU - Elshahed, M. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Phylogenetic diversity and community structure of anaerobic gut fungi (phylum Neocallimastigomycota) in ruminant and non-ruminant herbivores JO - ISME J VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2010.49 DO - 10.1038/ismej.2010.49 ID - Liggenstoffer2010 ER - TY - JOUR AU - Mao, S. Y. AU - Huo, W. J. AU - Zhu, W. Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - Microbiome-metabolome analysis reveals unhealthy alterations in the composition and metabolism of ruminal microbiota with increasing dietary grain in a goat model JO - Environ Microbiol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1111/1462-2920.12724 DO - 10.1111/1462-2920.12724 ID - Mao2016 ER - TY - JOUR AU - McCann, J. C. AU - Luan, S. AU - Cardoso, F. C. AU - Derakhshani, H. AU - Khafipour, E. AU - Loor, J. J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Induction of subacute ruminal acidosis affects the ruminal microbiome and epithelium JO - Front Microbiol VL - 7 ID - McCann2016 ER - TY - JOUR AU - Mercado-Garcia, B. PY - 2017 DA - 2017// TI - Cellulose degradation in anaerobic condition by filament fungi JO - Faseb J VL - 31 ID - Mercado-Garcia2017 ER - TY - JOUR AU - Mi, K. AU - Song, J. Y. AU - Ha, J. K. AU - Hongseog, P. AU - Chang, J. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Analysis of functional genes in carbohydrate metabolic pathway of anaerobic rumen fungus Neocallimastix frontalis PMA02 JO - Asian Aust J Anim Sci VL - 22 UR - https://doi.org/10.5713/ajas.2009.80371 DO - 10.5713/ajas.2009.80371 ID - Mi2009 ER - TY - JOUR AU - Mickdam, E. AU - Khiaosa-Ard, R. AU - Metzler-Zebeli, B. U. AU - Klevenhusen, F. AU - Chizzola, R. AU - Zebeli, Q. PY - 2016 DA - 2016// TI - Rumen microbial abundance and fermentation profile during severe subacute ruminal acidosis and its modulation by plant derived alkaloids in vitro JO - Anaerobe VL - 39 UR - https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2016.02.002 DO - 10.1016/j.anaerobe.2016.02.002 ID - Mickdam2016 ER - TY - JOUR AU - O’Malley, M. A. AU - Henske, J. K. AU - Solomon, K. V. AU - Haitjema, C. H. PY - 2014 DA - 2014// TI - Engineering anaerobic gut fungi for the production of fuels and bioactive compounds JO - Abstr Pap Am Chem S VL - 247 ID - O’Malley2014 ER - TY - JOUR AU - Orpin, C. G. PY - 1976 DA - 1976// TI - Studies on the rumen flagellate Neocallimastix frontalis JO - J Gen Microbiol VL - 91 UR - https://doi.org/10.1099/00221287-91-2-249 DO - 10.1099/00221287-91-2-249 ID - Orpin1976 ER - TY - JOUR AU - Pan, X. H. AU - Yang, L. AU - Xue, F. G. AU - Xin, H. R. AU - Jiang, L. S. AU - Xiong, B. H. AU - Beckers, Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - Relationship between thiamine and subacute ruminal acidosis induced by a high-grain diet in dairy cows JO - J Dairy Sci VL - 99 UR - https://doi.org/10.3168/jds.2016-10865 DO - 10.3168/jds.2016-10865 ID - Pan2016 ER - TY - JOUR AU - Pan, X. AU - Xue, F. AU - Nan, X. AU - Tang, Z. AU - Wang, K. AU - Beckers, Y. AU - Jiang, L. AU - Xiong, B. PY - 2017 DA - 2017// TI - Illumina sequencing approach to characterize thiamine metabolism related bacteria and the impacts of thiamine supplementation on ruminal microbiota in dairy cows fed high-grain diets JO - Front Microbiol VL - 8 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.01818 DO - 10.3389/fmicb.2017.01818 ID - Pan2017 ER - TY - JOUR AU - Phillips, M. W. AU - Gordon, G. L. PY - 1995 DA - 1995// TI - Carbohydrate fermentation by three species of polycentric ruminal fungi from cattle and water buffalo in tropical Australia JO - Anaerobe VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/S1075-9964(95)80418-8 DO - 10.1016/S1075-9964(95)80418-8 ID - Phillips1995 ER - TY - JOUR AU - Pitta, D. W. AU - Indugu, N. AU - Kumar, S. AU - Vecchiarelli, B. AU - Sinha, R. AU - Baker, L. D. AU - Bhukya, B. AU - Ferguson, J. D. PY - 2016 DA - 2016// TI - Metagenomic assessment of the functional potential of the rumen microbiome in Holstein dairy cows JO - Anaerobe VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2015.12.003 DO - 10.1016/j.anaerobe.2015.12.003 ID - Pitta2016 ER - TY - JOUR AU - Qin, J. AU - Li, Y. AU - Cai, Z. AU - Li, S. AU - Zhu, J. AU - Zhang, F. AU - Liang, S. AU - Zhang, W. AU - Guan, Y. AU - Shen, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - A metagenome-wide association study of gut microbiota in type 2 diabetes JO - Nature VL - 490 UR - https://doi.org/10.1038/nature11450 DO - 10.1038/nature11450 ID - Qin2013 ER - TY - JOUR AU - Qin, N. AU - Yang, F. AU - Ang, L. AU - Prifti, E. AU - Chen, Y. AU - Shao, L. AU - Guo, J. AU - Chatelier, E. AU - Yao, J. AU - Wu, L. AU - Zhou, J. AU - Ni, S. AU - Liu, L. AU - Pons, N. AU - Batto, J. -. M. AU - Kennedy, P. AU - Leonard, P. AU - Yuan, C. AU - Ding, W. AU - Li, L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Alterations of the human gut microbiome in liver cirrhosis JO - Nature VL - 513 UR - https://doi.org/10.1038/nature13568 DO - 10.1038/nature13568 ID - Qin2014 ER - TY - JOUR AU - Rezaeian, M. AU - Beakes, G. W. AU - Parker, D. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Distribution and estimation of anaerobic zoosporic fungi along the digestive tracts of sheep JO - Mycol Res VL - 108 UR - https://doi.org/10.1017/S0953756204000929 DO - 10.1017/S0953756204000929 ID - Rezaeian2004 ER - TY - JOUR AU - Sekhavati, M. H. AU - Nassiry, M. R. AU - Mesgaran, M. D. AU - Tavasoli, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Applying slide-cover-glass method for cultivating anaerobic rumen fungi and employing polymerase chain reaction technique for their molecular identification JO - J Dairy Sci VL - 90 ID - Sekhavati2007 ER - TY - JOUR AU - Shimizu, M. AU - Masuo, S. AU - Itoh, E. AU - Zhou, S. AU - Kato, M. AU - Takaya, N. PY - 2016 DA - 2016// TI - Thiamine synthesis regulates the fermentation mechanisms in the fungus Aspergillus nidulans JO - Biosci Biotechnol Biochem VL - 80 UR - https://doi.org/10.1080/09168451.2016.1158631 DO - 10.1080/09168451.2016.1158631 ID - Shimizu2016 ER - TY - JOUR AU - Smidt, H. AU - Tapio, I. AU - Fischer, D. AU - Blasco, L. AU - Tapio, M. AU - Wallace, R. J. AU - Bayat, A. R. AU - Ventto, L. AU - Kahala, M. AU - Subramanya, S. B. AU - Subramanian, V. S. AU - Said, H. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Chronic alcohol consumption and intestinal thiamin absorption: effects on physiological and molecular parameters of the uptake process JO - Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol VL - 299 UR - https://doi.org/10.1152/ajpgi.00132.2010 DO - 10.1152/ajpgi.00132.2010 ID - Smidt2010 ER - TY - JOUR AU - Subramanya, S. B. AU - Subramanian, V. S. AU - Said, H. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Chronic alcohol consumption and intestinal thiamin absorption: effects on physiological and molecular parameters of the uptake process JO - Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol VL - 299 UR - https://doi.org/10.1152/ajpgi.00132.2010 DO - 10.1152/ajpgi.00132.2010 ID - Subramanya2010 ER - TY - JOUR AU - Tapio, I. AU - Fischer, D. AU - Blasco, L. AU - Tapio, M. AU - Wallace, R. J. AU - Bayat, A. R. AU - Ventto, L. AU - Kahala, M. AU - Negussie, E. AU - Shingfield, K. J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Taxon abundance, diversity, co-occurrence and network analysis of the ruminal microbiota in response to dietary changes in dairy cows JO - PLoS ONE VL - 12 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0180260 DO - 10.1371/journal.pone.0180260 ID - Tapio2017 ER - TY - JOUR AU - Theodorou, M. K. AU - Mennim, G. AU - Davies, D. R. AU - Zhu, W. Y. AU - Trinci, A. P. J. AU - Brookman, J. L. PY - 1996 DA - 1996// TI - Anaerobic fungi in the digestive tract of mammalian herbivores and their potential for exploitation JO - P Nutr Soc VL - 55 UR - https://doi.org/10.1079/PNS19960088 DO - 10.1079/PNS19960088 ID - Theodorou1996 ER - TY - JOUR AU - Valente, T. N. AU - Sampaio, C. B. AU - Silva, L. i. m. a. E. AU - Deminicis, B. B. AU - Cezário, A. S. AU - Santos, W. B. PY - 2017 DA - 2017// TI - Aspects of acidosis in ruminants with a focus on nutrition: a review JO - J Agric Sci VL - 9 ID - Valente2017 ER - TY - JOUR AU - Van, D. G. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Hydrogenosomes and mitosomes: conservation and evolution of functions JO - J Eukaryot Microbiol VL - 56 ID - Van2010 ER - TY - JOUR AU - Xue, F. AU - Pan, X. AU - Jiang, L. AU - Guo, Y. AU - Xiong, B. PY - 2018 DA - 2018// TI - GC-MS analysis of the ruminal metabolome response to thiamine supplementation during high grain feeding in dairy cows JO - Metabolomics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1007/s11306-018-1362-8 DO - 10.1007/s11306-018-1362-8 ID - Xue2018 ER - TY - JOUR AU - Yarlett, N. AU - Hackstein, J. H. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Hydrogenosomes: one organelle, multiple origins JO - Bioscience VL - 55 UR - https://doi.org/10.1641/0006-3568(2005)055[0657:HOOMO]2.0.CO;2 DO - 10.1641/0006-3568(2005)055[0657:HOOMO]2.0.CO;2 ID - Yarlett2005 ER - TY - JOUR AU - Yıldırım, E. AU - Ince, O. AU - Aydin, S. AU - Ince, B. PY - 2017 DA - 2017// TI - Improvement of biogas potential of anaerobic digesters using rumen fungi JO - Renew Energy VL - 109 UR - https://doi.org/10.1016/j.renene.2017.03.021 DO - 10.1016/j.renene.2017.03.021 ID - Yıldırım2017 ER - TY - JOUR AU - Youssef, N. H. AU - Couger, M. B. AU - Struchtemeyer, C. G. AU - Liggenstoffer, A. S. AU - Prade, R. A. AU - Najar, F. Z. AU - Atiyeh, H. K. AU - Wilkins, M. R. AU - Elshahed, M. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - The genome of the anaerobic fungus Orpinomyces sp. strain C1A reveals the unique evolutionary history of a remarkable plant biomass degrader JO - Appl Environ Microbiol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00821-13 DO - 10.1128/AEM.00821-13 ID - Youssef2013 ER -