Skip to main content

Table 1 PCR primers and conditions used for isolates identification

From: Evaluation of microbial consortia and chemical changes in spontaneous maize bran fermentation

Primers

Target

Sequence (5′–3′)

Thermal conditions

Amplicon (bp)

References

RSA_F

RSA_R

16S–23S rDNA spacer region (RSA)

GAAGTCGTAACAAGG

CAAGGCATCCACCGT

94 °C × 45 s

54 °C × 1 min × 35 cycles

Variable

Lane (1991)

16S_F

16S_R

16S rDNA gene

AGAGTTTGATCCTGGCTCAG

CTACGGCTACCTTGTTACGA

94 °C × 45 s

55 °C × 45 s × 35 cycles

1540

Lane (1991)

p8FLP

p806R

Partial 16S rDNA gene

AGTTTGATCCTGGCTCAG

GGACTACCAGGGTATCTAAT

94 °C × 1 min

56 °C × 1 min × 30 cycles

800

McCabe et al. (1995)

L. plant_F

L. plant_R

L. plantarum

CCGTTTATGCGGAACACC

TCGGGATTACCAAACATCAC

94 °C × 2 min

56 °C × 1 min × 35 cycles

318

Torriani et al. (2001)

Pedio23S_F

Pedio23S_R

Pediococcus spp.

GAACTCGTGTACGTTGAAAAGTGCTGA

GCGTCCCTCCATTGTTCAAACAAG

94 °C × 45 s

64 °C × 1 min × 35 cycles

701

Pfannebecker and Fröhlich (2008)

P23S_R

PPE23S_F

P. pentosaceus

CTGTCTCGCAGTCAAGCTC

CCAGGTTGAAGGTGCAGTAAAAT

94 °C × 1 min

67 °C × 1 min × 35 cycles

1640

Pfannebecker and Fröhlich (2008)

P23S-R

ArgentF

P. argentinicus

CTGTCTCGCAGTCAAGCTC

GATATTCCTGTACTAGTTAGAT

94 °C × 1 min

60 °C × 1 min × 35 cycles

948

This study

Lbrev

1391F

L. brevis

TAATGATGACCTTGCGGTC

TGTACACACCGCCCGTC

94 °C × 45 s

48 °C × 45 s × 35 cycles

330

Coton et al. (2008)

Weiss_F

Weiss_R

Weissella spp.

CGTGGGAAACCTACCTCTTA

CCCTCAAACATCTAGCAC

94 °C × 45 s

54 °C × 1 min × 35 cycles

725

Jang et al. (2002)

1 RL

LaccreR

L. lactis

TTTGAGAGTTTGATCCTGG

GGGATCATCTTTGAGTGAT

94 °C × 2 min

54 °C × 1 min × 35 cycles

238

Pu et al. (2002)

LeuclacF

LeuclacR

L. lactis

AGGCGGCTTACTGGACAAC

CTTAGACGGCTCCTTCCAT

94 °C × 2 min

58 °C × 1 min × 35 cycles

742

Lee et al. (2000)

ITS1

ITS4

ITS1-5.8S-ITS2 Internal Transcribed Spacer (ITS)

TCCGTAGGTGAACCTGCGG

TCCTCCGCTTATTGATATGC

94 °C × 45 s

60 °C × 1 min × 35 cycles

Variable

Jespersen et al. (2005)

NL1

NL4

26S rDNA gene

GCATATCAATAAGCGGAGGAAAAG

GGTCCGTGTTTCAAGACGG

94 °C × 2 min

52 °C × 1 min × 35 cycles

778

Kurtzman and Robnett (1998)