TY - JOUR AU - Abecia, L. AU - Fondevila, M. AU - Balcells, J. AU - Edwards, J. E. AU - Newbold, C. J. AU - McEwan, N. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Effect of antibiotics on the bacterial population of the rabbit caecum JO - FEMS Microbiol Lett VL - 272 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6968.2007.00746.x DO - 10.1111/j.1574-6968.2007.00746.x ID - Abecia2007 ER - TY - JOUR AU - Abella, S. R. AU - Shelburne, V. B. AU - Macdonald, N. W. PY - 2003 DA - 2003// TI - Multifactor classification of forest landscape ecosystems of Jocassee Gorges, southern Appalachian Mountains, South Carolina JO - Can J For Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1139/x03-116 DO - 10.1139/x03-116 ID - Abella2003 ER - TY - JOUR AU - Andoh, A. AU - Fujiyama, Y. AU - Hata, K. AU - Araki, Y. AU - Takaya, H. AU - Shimada, M. AU - Bamba, T. PY - 1999 DA - 1999// TI - Counter-regulatory effect of sodium butyrate on tumour necrosis factoralpha (TNF-alpha)-induced complement C3 and factor B biosynthesis in human intestinal epithelial cells JO - Clin Exp Immunol VL - 118 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2249.1999.01038.x DO - 10.1046/j.1365-2249.1999.01038.x ID - Andoh1999 ER - TY - JOUR AU - Azad, M. B. AU - Konya, T. AU - Maughan, H. AU - Guttman, D. S. AU - Field, C. J. AU - Sears, M. R. AU - Becker, A. B. AU - Scott, J. A. AU - Kozyrskyj, A. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Infant gut microbiota and the hygiene hypothesis of allergic disease: impact of household pets and siblings on microbiota composition and diversity JO - Allergy Asthma Clin Immunol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1710-1492-9-15 DO - 10.1186/1710-1492-9-15 ID - Azad2013 ER - TY - JOUR AU - Bailey, M. T. AU - Dowd, S. E. AU - Galley, J. D. AU - Hufnagle, A. R. AU - Allen, R. G. AU - Lyte, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Exposure to a social stressor alters the structure of the intestinal microbiota: implications for stressor-induced immunomodulation JO - Brain Behav Immun VL - 25 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbi.2010.10.023 DO - 10.1016/j.bbi.2010.10.023 ID - Bailey2011 ER - TY - JOUR AU - Bäuerl, C. AU - Collado, M. C. AU - Zúñiga, M. AU - Blas, E. AU - Pérez, M. G. PY - 2014 DA - 2014// TI - Changes in cecal microbiota and mucosal gene expression revealed new aspects of epizootic rabbit enteropathy JO - Plos ONE VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0105707 DO - 10.1371/journal.pone.0105707 ID - Bäuerl2014 ER - TY - JOUR AU - Brüssow, H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Growth promotion and gut microbiota: insights from antibiotic use JO - Environ Microbiol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1111/1462-2920.12786 DO - 10.1111/1462-2920.12786 ID - Brüssow2015 ER - TY - JOUR AU - Cani, P. D. AU - Bibiloni, R. AU - Knauf, C. AU - Waget, A. AU - Neyrinck, A. M. AU - Delzenne, N. M. AU - Burcelin, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Changes in gut microbiota control metabolic endotoxemia-induced inflammation in high-fat diet-induced obesity and diabetes in mice JO - Diabetes VL - 57 UR - https://doi.org/10.2337/db07-1403 DO - 10.2337/db07-1403 ID - Cani2008 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Kuczynski, J. AU - Stombaugh, J. AU - Bittinger, K. AU - Bushman, F. D. AU - Ek, C. o. s. t. e. l. l. o. AU - Fierer, N. AU - Peña, A. G. AU - Goodrich, J. K. AU - Gordon, J. I. AU - Huttley, G. A. AU - Kelley, S. T. AU - Knights, D. AU - Koenig, J. E. AU - Ley, R. E. AU - Lozupone, C. A. AU - McDonald, D. AU - Muegge, B. D. AU - Pirrung, M. AU - Reeder, J. AU - Sevinsky, J. R. AU - Turnbaugh, P. J. AU - Walters, W. A. AU - Widmann, J. AU - Yatsunenko, T. AU - Zaneveld, J. AU - Knight, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.f.303 DO - 10.1038/nmeth.f.303 ID - Caporaso2010 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Lauber, C. L. AU - Walters, W. A. AU - Berg-Lyons, D. AU - Huntley, J. AU - Fierer, N. AU - Owens, S. M. AU - Betley, J. AU - Fraser, L. AU - Bauer, M. AU - Gormley, N. AU - Gilbert, J. A. AU - Smith, G. AU - Knight, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ultra-high-throughput microbial community analysis on the Illumina HiSeq and MiSeq platforms JO - ISME J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2012.8 DO - 10.1038/ismej.2012.8 ID - Caporaso2012 ER - TY - JOUR AU - Cho, I. AU - Yamanishi, S. AU - Cox, L. AU - Methé, B. A. AU - Zavadil, J. AU - Li, K. AU - Gao, Z. AU - Mahana, D. AU - Raju, K. AU - Teitler, I. AU - Li, H. AU - Alekseyenko, A. V. AU - Blaser, M. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Antibiotics in early life alter the murine colonic microbiome and adiposity JO - Nature VL - 488 UR - https://doi.org/10.1038/nature11400 DO - 10.1038/nature11400 ID - Cho2012 ER - TY - JOUR AU - Chung, H. AU - Pamp, S. J. AU - Hill, J. A. AU - Surana, N. K. AU - Edelman, S. M. AU - Troy, E. B. AU - Reading, N. C. AU - Villablanca, E. J. AU - Wang, S. AU - Mora, J. R. AU - Umesaki, Y. AU - Mathis, D. AU - Benoist, C. AU - Relman, D. A. AU - Kasper, D. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Gut immune maturation depends on colonization with a host-specific microbiota JO - Cell VL - 149 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.04.037 DO - 10.1016/j.cell.2012.04.037 ID - Chung2012 ER - TY - JOUR AU - Cromwell, C. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Why and how antibiotics are used in swine production JO - Anim Biotechnol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1081/ABIO-120005767 DO - 10.1081/ABIO-120005767 ID - Cromwell2002 ER - TY - JOUR AU - Dao, M. C. AU - Everard, A. AU - Aron-Wisnewsky, J. AU - Sokolovska, N. AU - Prifti, E. AU - Verger, E. O. AU - Kayser, B. D. AU - Levenez, F. AU - Chilloux, J. AU - Hoyles, L. AU - Dumas, M. E. AU - Rizkalla, S. W. AU - Doré, J. AU - Cani, P. D. AU - Clément, K. PY - 2016 DA - 2016// TI - Akkermansia muciniphila and improved metabolic health during a dietary intervention in obesity: relationship with gut microbiome richness and ecology JO - Gut VL - 65 UR - https://doi.org/10.1136/gutjnl-2014-308778 DO - 10.1136/gutjnl-2014-308778 ID - Dao2016 ER - TY - JOUR AU - Derrien, M. AU - Collado, M. C. AU - Ben-Amor, K. AU - Salminen, S. AU - Vos, W. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - The mucin degrader Akkermansia muciniphila is an abundant resident of the human intestinal tract JO - Appl Environ Microbiol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01226-07 DO - 10.1128/AEM.01226-07 ID - Derrien2008 ER - TY - JOUR AU - Dibner, J. J. AU - Richards, J. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Antibiotic growth promoters in agriculture: history and mode of a ction JO - Poult Sci VL - 84 UR - https://doi.org/10.1093/ps/84.4.634 DO - 10.1093/ps/84.4.634 ID - Dibner2005 ER - TY - JOUR AU - Dubourg, G. AU - Lagier, J. C. AU - Robert, C. AU - Armougom, F. AU - Hugon, P. AU - Metidji, S. AU - Dione, N. AU - Dangui, N. P. AU - Pfleiderer, A. AU - Abrahao, J. AU - Musso, D. AU - Papazian, L. AU - Brouqui, P. AU - Bibi, F. AU - Yasir, M. AU - Vialettes, B. AU - Raoult, D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Culturomics and pyrosequencing evidence of the reduction in gut microbiota diversity in patients with broad-spectrum antibiotics JO - Int J Antimicrob Agents VL - 44 UR - https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2014.04.020 DO - 10.1016/j.ijantimicag.2014.04.020 ID - Dubourg2014 ER - TY - JOUR AU - Everard, A. AU - Belzer, C. AU - Geurts, L. AU - Ouwerkerk, J. P. AU - Druart, C. AU - Bindels, L. B. AU - Guiot, Y. AU - Derrien, M. AU - Muccioli, G. G. AU - Delzenne, N. M. AU - Vos, W. M. AU - Cani, P. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Cross-talk between Akkermansia muciniphila and intestinal epithelium controls diet-induced obesity JO - PNAS VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1219451110 DO - 10.1073/pnas.1219451110 ID - Everard2013 ER - TY - JOUR AU - Faith, J. J. AU - Guruge, J. L. AU - Charbonneau, M. AU - Subramanian, S. AU - Seedorf, H. AU - Goodman, A. L. AU - Clemente, J. C. AU - Knight, R. AU - Heath, A. C. AU - Leibel, R. L. AU - Rosenbaum, M. AU - Gordon, J. I. PY - 2013 DA - 2013// TI - The long-term stability of the human gut microbiota JO - Science VL - 341 UR - https://doi.org/10.1126/science.1237439 DO - 10.1126/science.1237439 ID - Faith2013 ER - TY - JOUR AU - Feighner, S. D. AU - Dashkevicz, M. P. PY - 1987 DA - 1987// TI - Subtherapeutic levels of antibiotics in poultry feed and their effects on weight gain, feed efficiency, and bacterial cholyltaurine hydrolase activity JO - Appl Environ Microbiol VL - 53 ID - Feighner1987 ER - TY - JOUR AU - Ferrario, C. AU - Taverniti, V. AU - Milani, C. AU - Fiore, W. AU - Laureati, M. AU - Noni, I. D. AU - Stuknyte, M. AU - Chouaia, B. AU - Riso, P. AU - Guglielmetti, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Modulation of fecal clostridiales bacteria and butyrate by probiotic intervention with lactobacillus paracasei DG varies among healthy adults JO - J Nutr VL - 144 UR - https://doi.org/10.3945/jn.114.197723 DO - 10.3945/jn.114.197723 ID - Ferrario2014 ER - TY - JOUR AU - Furet, J. P. AU - Kong, L. C. AU - Tap, J. AU - Poitou, C. AU - Basdevant, A. AU - Bouillot, J. L. AU - Mariat, D. AU - Corthier, G. AU - Doré, J. AU - Henegar, C. AU - Rizkalla, S. AU - Clément, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Differential adaptation of human gut microbiota to bariatric surgery-induced weight loss: links with metabolic and low-grade inflammation markers JO - Diabetes VL - 59 UR - https://doi.org/10.2337/db10-0253 DO - 10.2337/db10-0253 ID - Furet2010 ER - TY - JOUR AU - Gu, S. H. AU - Chen, D. D. AU - Zhang, J. N. AU - Lv, X. M. AU - Wang, K. AU - Duan, L. P. AU - Nie, Y. AU - Wu, X. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Bacterial community mapping of the mouse gastrointestinal tract JO - Plos ONE VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0074957 DO - 10.1371/journal.pone.0074957 ID - Gu2013 ER - TY - JOUR AU - Gulino, L. M. AU - Ouwerkerk, D. AU - Kang, A. Y. AU - Maguire, A. J. AU - Kienzle, M. AU - Klieve, A. V. PY - 2013 DA - 2013// TI - Shedding light on the microbial community of the macropod foregut using 454-amplicon pyrosequencing JO - Plos ONE VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0061463 DO - 10.1371/journal.pone.0061463 ID - Gulino2013 ER - TY - JOUR AU - Hippe, B. AU - Remely, M. AU - Bartosiewicz, N. AU - Riedel, M. AU - Nichterl, C. AU - Schatz, L. AU - Pummer, S. AU - Haslberger, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Abundance and diversity of GI microbiota rather than IgG4 levels correlate with abdominal inconvenience and gut permeability in consumers claiming food intolerances JO - Endocr Metab Immune Disord Drug Targets VL - 14 UR - https://doi.org/10.2174/1871530314666140207103335 DO - 10.2174/1871530314666140207103335 ID - Hippe2014 ER - TY - JOUR AU - Injac, R. AU - Mlinaric, A. AU - Djorjevic-Milic, V. AU - Karljikovic- Rajic, K. AU - Strukelj, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Optimal condition for determination of zinc bacitracin, polymyxin B, oxytetracycline and sulfacetamide in animal feed by micellar electrokinetic capillary chromatography JO - Food Addit Contam VL - 25 UR - https://doi.org/10.1080/02652030701584058 DO - 10.1080/02652030701584058 ID - Injac2008 ER - TY - JOUR AU - Ismail, N. A. AU - Ragab, S. H. AU - Elbaky, A. A. AU - Shoeib, A. R. AU - Alhosary, Y. AU - Fekry, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Frequency of Firmicutes and Bacteroidetes in gut microbiota in obese and normal weight Egyptian children and adults JO - Arch Med Sci VL - 7 ID - Ismail2010 ER - TY - JOUR AU - Jami, E. AU - White, B. A. AU - Mizrahi, I. PY - 2014 DA - 2014// TI - Potential role of the bovine rumen microbiome in modulating milk composition and feed efficiency JO - Plos ONE VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0085423 DO - 10.1371/journal.pone.0085423 ID - Jami2014 ER - TY - JOUR AU - Jones, R. L. PY - 2000 DA - 2000// TI - Clostridial enterocolitis JO - Vet Clin North Am Equine Pract VL - 16 ID - Jones2000 ER - TY - JOUR AU - Jost, T. AU - Lacroix, C. AU - Braegger, C. P. AU - Rochat, F. AU - Chassard, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Vertical mother-neonate transfer of maternal gut bacteria via breastfeeding JO - Environ Microbiol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1111/1462-2920.12238 DO - 10.1111/1462-2920.12238 ID - Jost2014 ER - TY - JOUR AU - Kim, B. S. AU - Jeon, Y. S. AU - Chun, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Current status and future promise of the human microbiome JO - Pediatr Gastroenterol Hepatol Nutr VL - 16 UR - https://doi.org/10.5223/pghn.2013.16.2.71 DO - 10.5223/pghn.2013.16.2.71 ID - Kim2013 ER - TY - JOUR AU - Lepage, P. AU - Leclerc, M. C. AU - Joossens, M. AU - Mondot, S. AU - Blottière, H. M. AU - Raes, J. AU - Ehrlich, D. AU - Doré, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - A metagenomic insight into our gut’s microbiome JO - Gut VL - 62 UR - https://doi.org/10.1136/gutjnl-2011-301805 DO - 10.1136/gutjnl-2011-301805 ID - Lepage2013 ER - TY - JOUR AU - Ley, R. E. AU - Turnbaugh, P. J. AU - Klein, S. AU - Gordon, J. I. PY - 2006 DA - 2006// TI - Microbial ecology: human gut microbes associated with obesity JO - Nature VL - 444 UR - https://doi.org/10.1038/4441022a DO - 10.1038/4441022a ID - Ley2006 ER - TY - JOUR AU - Liou, A. P. AU - Paziuk, M. AU - Luevano, J. M. AU - Machineni, S. AU - Turnbaugh, P. J. AU - Kaplan, L. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Conserved shifts in the gut microbiota due to gastric bypass reduce host weight and adiposity JO - Sci Transl Med VL - 5 UR - https://doi.org/10.1126/scitranslmed.3005687 DO - 10.1126/scitranslmed.3005687 ID - Liou2013 ER - TY - JOUR AU - Louis, P. AU - Flint, H. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Development of a semiquantitative degenerate real-time pcr-based assay for estimation of numbers of butyryl-coenzyme A (CoA) CoA transferase genes in complex bacterial samples JO - Appl Environ Microbiol VL - 73 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02561-06 DO - 10.1128/AEM.02561-06 ID - Louis2007 ER - TY - JOUR AU - Lozupone, C. AU - Knight, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - UniFrac: a new phylogenetic method for comparing microbial communities JO - Appl Environ Microbiol VL - 71 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.71.12.8228-8235.2005 DO - 10.1128/AEM.71.12.8228-8235.2005 ID - Lozupone2005 ER - TY - JOUR AU - Mackie, R. I. AU - Aminov, R. I. AU - Hu, W. AU - Klieve, A. V. AU - Ouwerkerk, D. AU - Sundset, M. A. AU - Kamagata, Y. PY - 2003 DA - 2003// TI - Ecology of uncultivated Oscillospira species in the rumen of cattle, sheep, and reindeer as assessed by microscopy and molecular approaches JO - Appl Environ Microbiol VL - 69 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.69.11.6808-6815.2003 DO - 10.1128/AEM.69.11.6808-6815.2003 ID - Mackie2003 ER - TY - JOUR AU - Nam, Y. D. AU - Jung, M. J. AU - Roh, S. W. AU - Ms, K. i. m. AU - Bae, J. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Comparative analysis of Korean human gut microbiota by barcoded pyrosequencing JO - Plos ONE VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0022109 DO - 10.1371/journal.pone.0022109 ID - Nam2011 ER - TY - JOUR AU - Neumann, A. P. AU - Suen, G. PY - 2015 DA - 2015// TI - Differences in major bacterial populations in the intestines of mature broilers after feeding virginiamycin or bacitracin methylene disalicylate JO - J Appl Microbiol VL - 119 UR - https://doi.org/10.1111/jam.12960 DO - 10.1111/jam.12960 ID - Neumann2015 ER - TY - JOUR AU - Niewold, T. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - The nonantibiotic anti-inflammatory effect of antimicrobial growth promoters, the real mode of action? A hypothesis JO - Poult Sci VL - 86 UR - https://doi.org/10.1093/ps/86.4.605 DO - 10.1093/ps/86.4.605 ID - Niewold2007 ER - TY - JOUR AU - Panda, S. AU - Elkhader, I. AU - Casellas, F. AU - López, V. J. AU - García, C. M. AU - Santiago, A. AU - Cuenca, S. AU - Guarner, F. AU - Manichanh, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Short-term effect of antibiotics on human gut microbiota JO - Plos ONE VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0095476 DO - 10.1371/journal.pone.0095476 ID - Panda2014 ER - TY - JOUR AU - Pedersen, R. AU - Ingerslev, H. C. AU - Sturek, M. AU - Alloosh, M. AU - Cirera, S. AU - Christoffersen, B. Ø. AU - Moesgaard, S. G. AU - Larsen, N. AU - Boye, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Characterisation of gut microbiota in Ossabaw and Göttingen minipigs as models of obesity and metabolic syndrome JO - Plos ONE VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0056612 DO - 10.1371/journal.pone.0056612 ID - Pedersen2013 ER - TY - JOUR AU - Peng, Z. R. AU - Zeng, D. AU - Wang, Q. AU - Niu, L. L. AU - Ni, X. Q. AU - Zou, F. Q. AU - Yang, M. Y. AU - Sun, H. AU - Zhou, Y. AU - Liu, Q. AU - Yin, Z. Q. AU - Pan, K. C. AU - Jing, B. PY - 2016 DA - 2016// TI - Decreased microbial diversity and Lactobacillus group in the intestine of geriatric giant pandas (Ailuropoda melanoleuca) JO - World J Microbiol Biotechnol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1007/s11274-016-2034-3 DO - 10.1007/s11274-016-2034-3 ID - Peng2016 ER - TY - JOUR AU - Place, R. F. AU - Noonan, E. J. AU - Giardina, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - HDAC inhibition prevents NF-kappa B activation by suppressing proteasome activity: down-regulation of proteasome subunit expression stabilizes I kappa B alpha JO - Biochem Pharmacol VL - 70 UR - https://doi.org/10.1016/j.bcp.2005.04.030 DO - 10.1016/j.bcp.2005.04.030 ID - Place2005 ER - TY - JOUR AU - Poduval, R. D. AU - Kamath, R. P. AU - Corpuz, M. AU - Norkus, E. P. AU - Pitchumoni, C. S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Clostridium difficile and vancomycin-resistant enterococcus: the new nosocomial alliance JO - Am J Gastroenterol VL - 95 UR - https://doi.org/10.1111/j.1572-0241.2000.03291.x DO - 10.1111/j.1572-0241.2000.03291.x ID - Poduval2000 ER - TY - JOUR AU - Qin, J. J. AU - Li, R. Q. AU - Raes, J. AU - Arumugam, M. AU - Burgdorf, K. S. AU - Manichanh, C. AU - Nielsen, T. AU - Pons, N. AU - Levenez, F. AU - Yamada, T. AU - Mende, D. R. AU - Li, J. H. AU - Xu, J. M. AU - Li, S. C. AU - Li, D. F. AU - Cao, J. J. AU - Wang, B. AU - Liang, H. Q. AU - Zheng, H. S. AU - Xie, Y. L. AU - Tap, J. AU - Lepage, P. AU - Bertalan, M. AU - Batto, J. M. AU - Hansen, T. AU - Paslier, D. L. AU - Linneberg, A. AU - Nielsen, H. AU - Pelletier, E. AU - Renault, P. AU - SicheritzPonten, T. AU - Turner, K. AU - Zhu, H. M. AU - Yu, C. AU - Li, S. T. AU - Jian, M. AU - Zhou, Y. AU - Li, Y. R. AU - Zhang, X. Q. AU - Li, S. G. AU - Qin, N. AU - Yang, H. M. AU - Wang, J. AU - Brunak, S. AU - Doré, J. AU - Guarner, F. AU - Kristiansen, K. AU - Pedersen, O. AU - Parkhill, J. AU - Weissenbach, J. AU - Consortium, M. AU - Bork, P. AU - Ehrlich, S. AU - Wang, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - A human gut microbial gene catalog established by metagenomic sequencing JO - Nature VL - 464 UR - https://doi.org/10.1038/nature08821 DO - 10.1038/nature08821 ID - Qin2010 ER - TY - JOUR AU - Rettedal, E. AU - Vilain, S. AU - Lindblom, S. AU - Lehnert, K. AU - Scofield, C. AU - George, S. AU - Clay, S. AU - Kaushik, R. S. AU - Rosa, A. J. AU - Francis, D. AU - Brözel, V. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Alteration of the ileal microbiota of weanling piglets by the growth-promoting antibiotic chlortetracycline JO - Appl Environ Microbiol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02220-08 DO - 10.1128/AEM.02220-08 ID - Rettedal2009 ER - TY - JOUR AU - Rodriguez, A. V. AU - Nadra, M. C. M. D. PY - 1995 DA - 1995// TI - Effect of pH and hydrogen peroxide produced by Lactobacillus hilgardii on Pediococcus pentosaceus growth JO - FEMS Microbiol Lett VL - 128 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6968.1995.tb07500.x DO - 10.1111/j.1574-6968.1995.tb07500.x ID - Rodriguez1995 ER - TY - JOUR AU - Shin, N. R. AU - Whon, T. W. AU - Bae, J. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - Proteobacteria: microbial signature of dysbiosis in gut microbiota JO - Trends Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2015.06.011 DO - 10.1016/j.tibtech.2015.06.011 ID - Shin2015 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. R. AU - Marcelino, L. A. AU - Polz, M. F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Heteroduplexes in mixed-template amplifications: formation, consequence and elimination by ‘reconditioning PCR’ JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.9.2083 DO - 10.1093/nar/30.9.2083 ID - Thompson2002 ER - TY - JOUR AU - Tims, S. AU - Derom, C. AU - Jonkers, D. M. AU - Vlietinck, R. AU - Saris, W. H. AU - Kleerebezem, M. AU - Vos, W. M. AU - Zoetendal, E. G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Microbiota conservation and BMI signatures in adult monozygotic twins JO - ISME J VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2012.146 DO - 10.1038/ismej.2012.146 ID - Tims2013 ER - TY - JOUR AU - Torok, V. A. AU - Allison, G. E. AU - Percy, N. J. AU - Ophel-Keller, K. AU - Hughes, R. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Influence of antimicrobial feed additives on broiler commensal posthatch gut microbiota development and performance JO - Appl Environ Microbiol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.02300-10 DO - 10.1128/AEM.02300-10 ID - Torok2011 ER - TY - JOUR AU - Ubeda, C. AU - Pamer, E. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Antibiotics, microbiota, and immune defense JO - Trends Immunol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1016/j.it.2012.05.003 DO - 10.1016/j.it.2012.05.003 ID - Ubeda2012 ER - TY - JOUR AU - Velkov, T. AU - Thompson, P. E. AU - Nation, R. L. AU - Li, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Structure—activity relationships of polymyxin antibiotics JO - J Med Chem VL - 53 UR - https://doi.org/10.1021/jm900999h DO - 10.1021/jm900999h ID - Velkov2010 ER - TY - JOUR AU - Wang, Q. AU - Garrity, G. M. AU - Tiedje, J. M. AU - Cole, J. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Naїve bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy JO - Appl Environ Microbiol VL - 73 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00062-07 DO - 10.1128/AEM.00062-07 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - Willing, B. P. AU - Russell, S. L. AU - Finlay, B. B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Shifting the balance: antibiotic effects on host-microbiota mutualism JO - Nat Rev Microbiol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro2536 DO - 10.1038/nrmicro2536 ID - Willing2011 ER - TY - JOUR AU - Zeng, B. AU - Han, S. S. AU - Wang, P. AU - Wen, B. AU - Jian, W. S. AU - Guo, W. AU - Yu, Z. J. AU - Du, D. AU - Fu, X. C. AU - Kong, F. L. AU - Yang, M. Y. AU - Si, X. H. AU - Zhao, J. C. AU - Li, Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - The bacterial communities associated with fecal types and body weight of rex rabbits JO - Sci Rep VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/srep09342 DO - 10.1038/srep09342 ID - Zeng2015 ER - TY - JOUR AU - Zhang, C. AU - Li, S. AU - Yang, L. AU - Huang, P. AU - Li, W. AU - Wang, S. AU - Zhao, G. AU - Zhang, M. AU - Pang, X. AU - Yan, Z. AU - Liu, Y. AU - Zhao, L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Structural modulation of gut microbiota in life-long calorie-restricted mice JO - Nat Commun VL - 4 ID - Zhang2013 ER - TY - JOUR AU - Zhu, Y. AU - Wang, C. AU - Li, F. PY - 2015 DA - 2015// TI - Impact of dietary fiber/starch ratio in shaping caecal microbiota in rabbits JO - Can J Microbiol VL - 61 UR - https://doi.org/10.1139/cjm-2015-0201 DO - 10.1139/cjm-2015-0201 ID - Zhu2015 ER -