TY - JOUR AU - Adékambi, T. AU - Drancourt, M. AU - Raoult, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - The rpoB gene as a tool for clinical microbiologists JO - Trends Microbiol VL - 17 ID - Adékambi2009 ER - TY - JOUR AU - Andrews, S. C. AU - Robinson, A. K. AU - Rodriguez-Quinones, F. PY - 2003 DA - 2003// TI - Bacterial iron homeostasis JO - FEMS Microbiol Rev VL - 27 ID - Andrews2003 ER - TY - JOUR AU - Anzai, Y. AU - Kim, H. AU - Park, J. AU - Wakabayashi, H. AU - Oyaizu, H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Phylogenetic affiliation of the pseudomonads based on 16S rRNA sequence JO - Int J Syst Evol Microbiol VL - 50 ID - Anzai2000 ER - TY - JOUR AU - Arahal, D. R. AU - Sanchez, E. AU - Macian, M. C. AU - Garay, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Value of recN sequences for species identification and as a phylogenetic marker within the family “Leuconostocaceae” JO - Int Microbiol VL - 11 ID - Arahal2008 ER - TY - JOUR AU - Aranda-Olmedo, I. AU - Tobes, R. AU - Manzanera, M. AU - Ramos, J. L. AU - Marques, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Species-specific repetitive extragenic palindromic (REP) sequences in Pseudomonas putida JO - Nucleic Acids Res VL - 15 ID - Aranda-Olmedo2002 ER - TY - CHAP AU - Arias, S. AU - Bassas-Galia, M. AU - Molinari, G. AU - Timmis, K. N. PY - 2013 DA - 2013// TI - Tight coupling of polymerization and depolymerization of polyhydroxyalkanoates ensures efficient management of carbon resources in Pseudomonas putida BT - Microbial Biotech ID - Arias2013 ER - TY - JOUR AU - Ballerstedt, H. AU - Volkers, R. J. M. AU - Mars, A. E. AU - Hallsworth, J. E. AU - dos Santos, V. A. AU - Puchalka, J. J. AU - Eggink, G. AU - Timmis, K. N. AU - de Jan, A. M. AU - Bont, J. A. M. AU - Wery, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genomotyping of Pseudomonas putida strains using P. putida KT2440-based high-density DNA microarrays: implications for transcriptomics studies JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 75 ID - Ballerstedt2007 ER - TY - JOUR AU - Bennett, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Solexa Ltd JO - Pharmacogenomics VL - 5 ID - Bennett2002 ER - TY - BOOK AU - Biello, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Do microbes make snow? Scientific America 28Feb2008 ID - Biello2008 ER - TY - JOUR AU - Bodilis, J. AU - Ghysels, B. AU - Osayande, J. AU - Matthijs, S. AU - Pirnay, J. P. AU - Denayer, S. AU - De Vos, D. AU - Cornelis, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Distribution and evolution of ferripyoverdine receptors in Pseudomonas aeruginosa JO - Environ Microbiol VL - 11 ID - Bodilis2009 ER - TY - JOUR AU - Brandl, H. AU - Gross, R. A. AU - Lenz, R. W. AU - Fuller, R. C. PY - 1988 DA - 1988// TI - Pseudomonas oleovorans as a source of poly(3-hydroxyalkanoates) for potential application as biodegradable polyesters JO - Appl Environ Microbiol VL - 54 ID - Brandl1988 ER - TY - JOUR AU - Brouwers, G. J. AU - de Vrind, J. P. AU - Corstjens, P. L. AU - Cornelis, P. AU - Baysse, C. AU - de Jong, E. W. PY - 1999 DA - 1999// TI - cumA, a gene encoding a multicopper oxidase, is involved in Mn21 oxidation in Pseudomonas putida GB-1 JO - Appl Environ Microbiol VL - 65 ID - Brouwers1999 ER - TY - BOOK AU - Buzzo, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - New insights in Mn(II) oxidation in Pseudomonas putida GB-1 PB - Science University, M.S. thesis CY - Portland, OR ID - Buzzo2011 ER - TY - JOUR AU - Canovas, D. AU - Cases, I. AU - de Lorenzo, V. PY - 2003 DA - 2003// TI - Heavy metal tolerance and metal homeostasis in Pseudomonas putida as revealed by complete genome analysis JO - Environ Microbiol VL - 5 ID - Canovas2003 ER - TY - JOUR AU - Caspi, R. AU - Tebo, B. M. AU - Haygood, M. G. PY - 1998 DA - 1998// TI - C-type cytochromes and manganese oxidation in Pseudomonas putida MnB1 JO - Appl Environ Microbiol VL - 64 ID - Caspi1998 ER - TY - JOUR AU - Choi, E. N. AU - Cho, M. C. AU - Kim, Y. AU - Kim, C. K. AU - Lee, K. PY - 2003 DA - 2003// TI - Expansion of growth substrate range in Pseudomonas putida F1 by mutations in both cymR and todS, which recruit a ring-fission hydrolase CmtE and induce the tod catabolic operon, respectively JO - Microbiology VL - 149 ID - Choi2003 ER - TY - JOUR AU - Compant, S. AU - Duffy, B. AU - Jerzy Nowak, J. AU - Clément, C. AU - Barka, E. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Use of plant growth-promoting bacteria for biocontrol of plant diseases: principles, mechanisms of action, and future prospects JO - Appl Environ Microbiol VL - 71 ID - Compant2005 ER - TY - JOUR AU - Cornelis, P. AU - Bodilis, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - A survey of TonB-dependent receptors in fluorescent pseudomonads JO - Environ Microbiol Rep VL - 1 ID - Cornelis2009 ER - TY - JOUR AU - Cornelis, P. AU - Matthijs, S. AU - Van Oeffelen, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Iron uptake regulation in Pseudomonas aeruginosa JO - Biometals VL - 22 ID - Cornelis2009 ER - TY - JOUR AU - de Eugenio, L. I. AU - Galán, B. AU - Escapa, I. F. AU - Maestro, B. AU - Sanz, J. M. AU - García, J. AU - Prieto, M. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - The PhaD regulator controls the simultaneous expression of the pha genes involved in polyhydroxyalkanoate metabolism andturnover in Pseudomonas putida KT2442 JO - Environ Microbiol VL - 12 ID - de Eugenio2010 ER - TY - JOUR AU - de Eugenio, L. I. AU - Escapa, I. F. AU - Morales, V. AU - Dinjaski, N. AU - Galán, B. AU - García, J. L. AU - Prieto, M. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - The turnover of medium chain-length polyhydroxyalkanoates in Pseudomonas putida KT2442 and the fundamental role of PhaZ depolymerase for the metabolic balance JO - Environ Microbiol VL - 12 ID - de Eugenio2010 ER - TY - JOUR AU - de Smet, M. J. AU - Eggink, G. AU - Witholt, B. AU - Kingma, J. AU - Wynberg, H. PY - 1983 DA - 1983// TI - Characterization of intracellular inclusions formed by Pseudomonas oleovorans during growth on octane JO - J Bacteriol VL - 154 ID - de Smet1983 ER - TY - JOUR AU - Dennis, J. J. AU - Zylstra, G. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Complete sequence and genetic organization of pDTG1, the 83 kilobase naphthalene degradation plasmid from Pseudomonas putida strain NCIB 9816–4 JO - J Mol Biol VL - 341 ID - Dennis2004 ER - TY - JOUR AU - Duan, J. AU - Jiang, W. AU - Cheng, Z. AU - Heikkila, J. J. AU - Glick, B. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - The complete genome sequence of the plant growth-promoting bacterium Pseudomonas sp JO - PLoS ONE VL - 8 ID - Duan2013 ER - TY - JOUR AU - Eaton, R. W. PY - 1997 DA - 1997// TI - p -Cymene catabolic pathway in Pseudomonas putida F1: cloning and characterization of DNA encoding conversion of p -cymene to p -cumate JO - J Bacteriol VL - 179 ID - Eaton1997 ER - TY - JOUR AU - Eisen, J. A. AU - Heidelberg, J. F. AU - White, O. AU - Salzberg, S. L. PY - 2000 DA - 2000// TI - Evidence for symmetric chromosomal inversions around the replication origin in bacteria JO - Genome Biol VL - 1 ID - Eisen2000 ER - TY - JOUR AU - Elbahloul, Y. AU - Steinbüchel, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Large-scale production of poly(3-Hydroxyoctanoic Acid) by Pseudomonas putida GPo1 and a simplified downstream process JO - Appl Environ Microbiol VL - 75 ID - Elbahloul2009 ER - TY - JOUR AU - Escapa, I. F. AU - García, J. L. AU - Bühler, B. AU - Blank, L. M. AU - Prieto, M. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - The polyhydroxyalkanoate metabolism controls carbon andenergy spillage in Pseudomonas putida JO - Environ Microbiol VL - 14 ID - Escapa2012 ER - TY - JOUR AU - Finette, B. A. AU - Gibson, D. T. PY - 1988 DA - 1988// TI - Initial studies on the regulation of toluene degradation by Pseudomonas putida Fl JO - Biocatalysis VL - 2 ID - Finette1988 ER - TY - JOUR AU - Fiedler, S. AU - Steinbüchel, A. AU - Rehm, B. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - The role of the fatty acid beta-oxidation multienzyme complex from Pseudomonas oleovorans in polyhydroxyalkanoate biosynthesis: molecular characterization of the fadBA operon from P. oleovorans and of the enoyl-CoA hydratase genes phaJ from P. oleovorans and Pseudomonas putida JO - Arch Microbiol VL - 178 ID - Fiedler2002 ER - TY - JOUR AU - Galán, B. AU - Dinjaski, N. AU - Maestro, B. AU - de Eugenio, L. I. AU - Escapa, I. F. AU - Sanz, J. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Nucleoid-associated PhaF phasin drives intracellular location and segregation of polyhydroxyalkanoate granules in Pseudomonas putida KT2442 JO - Mol Microbiol VL - 79 ID - Galán2011 ER - TY - JOUR AU - Geszvain, K. AU - Tebo, B. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Identification of a two-component regulatory pathway essential for Mn(II) oxidation in Pseudomonas putida GB-1 JO - Appl Environ Microbiol VL - 76 ID - Geszvain2009 ER - TY - JOUR AU - Geszvain, K. AU - McCarthy, J. K. AU - Tebo, B. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Elimination of manganese (ii, iii) oxidation in Pseudomonas putida GB-1 by a double knockout of two putative multicopper oxidase genes JO - Appl Environ Microbiol VL - 79 ID - Geszvain2013 ER - TY - JOUR AU - Glick, B. R. PY - 1995 DA - 1995// TI - The enhancement of plant growth promotion by free-living bacteria JO - Can J Microbiol VL - 141 ID - Glick1995 ER - TY - JOUR AU - Hacker, J. AU - Carniel, E. PY - 2001 DA - 2001// TI - Ecological fitness, genomic islands and bacterial pathogenicity. A Darwinian view of the evolution of microbes JO - EMBO Rep VL - 2 ID - Hacker2001 ER - TY - JOUR AU - Haywood, G. W. AU - Anderson, A. J. AU - Dawes, E. A. PY - 1989 DA - 1989// TI - A survey of the accumulation of novel polyhydroxyalkanoates by bacteria JO - Biotechnol Lett VL - 11 ID - Haywood1989 ER - TY - JOUR AU - Hill, J. E. AU - Seipp, R. P. AU - Betts, M. AU - Hawkins, L. AU - Van Kessel, A. G. AU - Crosby, W. L. AU - Hemmingsen, S. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Extensive profiling of a complex microbial community by high-throughput sequencing JO - Appl Environ Microbiol VL - 68 ID - Hill2002 ER - TY - JOUR AU - Hill, J. E. AU - Penny, S. L. AU - Crowell, K. G. AU - Goh, S. H. AU - Hemmingsen, S. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - cpnDB: a chaperonin sequence database JO - Genome Res VL - 14 ID - Hill2004 ER - TY - JOUR AU - Huang, Y. AU - Zhang, L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Rapid and sensitive dot matrix methods for genome analysis JO - Bioinformatics VL - 20 ID - Huang2004 ER - TY - JOUR AU - Huijberts, G. N. M. AU - Eggink, G. PY - 1996 DA - 1996// TI - Production of poly(3- hydroxyalkanoates) by Pseudomonas putida KT2442 in continuous cultures JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 46 ID - Huijberts1996 ER - TY - JOUR AU - Huisman, G. W. AU - de Leeuw, O. AU - Eggink, G. AU - Witholt, B. PY - 1989 DA - 1989// TI - Synthesis of poly(3-hydroxyalkanoates) is a common feature of fluorescent pseudomonads JO - Appl Environ Microbiol VL - 55 ID - Huisman1989 ER - TY - JOUR AU - Jian, J. AU - Li, Z. J. AU - Ye, H. M. AU - Yuan, M. Q. AU - Chen, G. Q. PY - 2010 DA - 2010// TI - Metabolic engineering for microbial production of polyhydroxyalkanoates consisting of high 3-hydroxyhexanoate content by recombinant Aeromonas hydrophila JO - Bioresour Technol VL - 101 ID - Jian2010 ER - TY - JOUR AU - Jimenez, J. I. AU - Minambres, B. AU - Garcia, J. L. AU - Diaz, E. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genomic analysis of the aromatic catabolic pathways from Pseudomonas putida KT2440 JO - Environ Microbiol VL - 4 ID - Jimenez2002 ER - TY - JOUR AU - Jiménez, J. I. AU - Canales, A. AU - Jiménez-Barbero, J. AU - Ginalski, K. AU - Rychlewski, L. AU - García, J. L. AU - Díaz, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Deciphering the genetic determinants for aerobic nicotinic acid degradation: the nic cluster from Pseudomonas putida KT2440 JO - Pro Nat Acad Sci VL - 105 ID - Jiménez2008 ER - TY - JOUR AU - Kaiser, J. P. AU - Feng, Y. AU - Bollag, J. M. PY - 1996 DA - 1996// TI - Microbial metabolism of pyridine, quinoline, acridine, and their derivatives under aerobic and anaerobic conditions JO - Microbiol Rev VL - 60 ID - Kaiser1996 ER - TY - JOUR AU - Klockgether, J. AU - Munder, A. AU - Neugebauer, J. AU - Davenport, C. F. AU - Stanke, F. AU - Larbig, K. D. AU - Heeb, S. AU - Schöck, U. AU - Pohl, T. M. AU - Wiehlmann, L. AU - Tümmler, B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome diversity of Pseudomonas aeruginosa PAO1 laboratory strains JO - J Bacteriol VL - 192 ID - Klockgether2010 ER - TY - JOUR AU - Koebnik, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - TonB-dependent trans-envelope signalling: the exception or the rule? JO - Trends Microbiol VL - 3 ID - Koebnik2005 ER - TY - JOUR AU - Koebnik, R. AU - Locher, K. P. AU - Van Gelder, P. PY - 2000 DA - 2000// TI - Structure and function of bacterial 1225 Q40 outer membrane proteins: barrels in a nutshell JO - Mol Microbiol VL - 37 ID - Koebnik2000 ER - TY - JOUR AU - Krylov, S. V. AU - Kropinski, A. M. AU - Pleteneva, E. A. AU - Shaburova, O. V. AU - Burkal'tseva, M. V. AU - Miroshnikov, K. A. AU - Krylov, V. N. PY - 2012 DA - 2012// TI - Properties of the new D3-like Pseudomonas aeruginosa bacteriophage phiPMG1: genome structure and prospects for the use in phage therapy JO - Genetika VL - 48 ID - Krylov2012 ER - TY - JOUR AU - Kwong, S. M. AU - Yeo, C. C. AU - Suwanto, A. AU - Poh, C. L. PY - 2000 DA - 2000// TI - Characterization of the endogenous plasmid from Pseudomonas alcaligenes NCIB 9867: DNA sequence and mechanism of transfer J JO - Bacteriol VL - 182 ID - Kwong2000 ER - TY - JOUR AU - Langille, M. G. I. AU - Brinkman, F. S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - “IslandViewer: an integrated interface for computational identification and visualization of genomic islands” JO - Bioinformatics VL - 25 ID - Langille2009 ER - TY - JOUR AU - Li, W. AU - Shi, J. AU - Wang, X. AU - Han, Y. AU - Tong, W. AU - Ma, L. AU - Liu, B. AU - Cai, B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Complete nucleotide sequence and organization of the naphthalene catabolic plasmid pND6-1 from Pseudomonas sp Strain ND6 JO - Gene VL - 336 ID - Li2002 ER - TY - JOUR AU - Li, S. AU - Zhao, H. AU - Li, Y. AU - Niu, S. AU - Cai, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Complete genome sequence of the naphthalene-degrading Pseudomonas putida Strain ND6 JO - J Bacteriol VL - 194 ID - Li2012 ER - TY - JOUR AU - Loper, J. E. AU - Hassan, K. A. AU - Mavrodi, D. V. AU - Davis, E. W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Lim CK (2012) Comparative genomics of plant-associated Pseudomonas spp: insights into diversity and inheritance of traits involved in multitrophic interactions JO - PLoS Genet VL - 8 ID - Loper2012 ER - TY - JOUR AU - Mackiewicz, P. AU - Mackiewicz, D. AU - Kowalczuk, M. AU - Cebrat, S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Flip-flop around the origin and terminus of replication in prokaryotic genomes JO - Genome Biol VL - 2 ID - Mackiewicz2001 ER - TY - JOUR AU - Margulies, M. AU - Egholm, M. AU - Altman, W. E. AU - Attiya, S. AU - Bader, J. S. AU - Bemben, L. A. AU - Berka, J. AU - Braverman, M. S. AU - Chen, Y. J. AU - Chen, Z. AU - Dewell, S. B. AU - Du, L. AU - Fierro, J. M. AU - Gomes, X. V. AU - Godwin, B. C. AU - He, W. AU - Helgesen, S. AU - Ho, C. H. AU - Irzyk, G. P. AU - Jando, S. C. AU - Alenquer, M. L. AU - Jarvie, T. P. AU - Jirage, K. B. AU - Kim, J. B. AU - Knight, J. R. AU - Lanza, J. R. AU - Leamon, J. H. AU - Lefkowitz, S. M. AU - Lei, M. AU - Li, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors JO - Nature VL - 437 ID - Margulies2005 ER - TY - JOUR AU - Markowitz, V. M. AU - Korzeniewski, F. AU - Palaniappan, K. AU - Szeto, E. AU - Werner, G. AU - Padki, A. AU - Zhao, X. AU - Dubchak, I. AU - Hugenholtz, P. AU - Anderson, I. AU - Lykidis, K. AU - Ivanova, N. AU - Kyrpides, N. C. PY - 2006 DA - 2006// TI - The integrated microbial genomes (IMG) system JO - Nucleic Acid Res VL - 34 ID - Markowitz2006 ER - TY - JOUR AU - Matilla, M. A. AU - Pizarro-Tobias, P. AU - Roca, A. AU - Fernández, M. AU - Duque, E. AU - Molina, L. AU - Wu, X. AU - van der Lelie, D. AU - Gómez, M. J. AU - Segura, A. AU - Ramos, J. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Complete genome of the plant growth-promoting rhizobacterium Pseudomonas putida BIRD-1 JO - J Bacteriol VL - 193 ID - Matilla2011 ER - TY - JOUR AU - Meyer, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Pyoverdines: pigments, siderophores and potential taxonomic markers of fluorescent Pseudomonas species JO - Arch Microbiol VL - 174 ID - Meyer2000 ER - TY - JOUR AU - Miñana-Galbis, D. AU - Urbizu-Serrano, A. AU - Farfán, M. AU - Fusté, C. M. AU - Gaspar Lorén JG, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Phylogenetic analysis and identification of Aeromonas species based on sequencing of the cpn60 universal target JO - Int J Syst Evol Microbiol VL - 59 ID - Miñana-Galbis2009 ER - TY - JOUR AU - Molina, L. AU - Duque, E. AU - Manuel, J. AU - Gómez, M. J. AU - Krell, T. AU - Lacal, J. AU - García-Puente, A. AU - García, V. AU - Matilla, M. A. AU - Ramos, J. L. AU - Segura, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - The pGRT1 plasmid of Pseudomonas putida DOT-T1E encodes functions relevant for survival under harsh conditions in the environment JO - Environ Microbiol VL - 13 ID - Molina2011 ER - TY - JOUR AU - Molina, L. AU - Bernal, P. AU - Udaondo, Z. AU - Segura, A. AU - Ramos, J. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Complete genome sequence of a Pseudomonas putida clinical isolate, strain H8234 JO - Genome Announc VL - 1 ID - Molina2013 ER - TY - JOUR AU - Molina-Henares, M. A. AU - Garcıa-Salamanca, A. AU - Molina-Henares, J. AU - de la Torre, A. J. AU - Herrera, M. C. AU - Ramos, J. L. AU - Duque, E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Functional analysis of aromatic biosynthetic pathways in Pseudomonas putida KT2440 JO - Microbial Biotech VL - 2 ID - Molina-Henares2009 ER - TY - JOUR AU - Mulet, M. AU - Lalucat, J. AU - Garcia-Valdes, E. PY - 2010 DA - 2010// TI - DNA based analysis of the Pseudomonas species JO - Environ Microbiol VL - 12 ID - Mulet2010 ER - TY - JOUR AU - Mulet, M. AU - Garcıa-Valdes, E. AU - Lalucat, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Phylogenetic affiliation of Pseudomonas putida biovar A and B strains JO - Res Microbiol VL - 164 ID - Mulet2013 ER - TY - JOUR AU - Nakazawa, T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Travels of a Pseudomonas from Japan around the world JO - Environ Microbiol VL - 4 ID - Nakazawa2002 ER - TY - JOUR AU - Nelson, K. E. AU - Weinel, C. AU - Paulsen, I. T. AU - Dodson, R. J. AU - Hilbert, H. AU - Santos VAP, M. d. AU - Fouts, D. E. AU - Gill, S. R. AU - Pop, M. AU - Holmes, M. AU - Brinkac, L. AU - Beanan, M. AU - DeBoy, R. T. AU - Daugherty, S. AU - Kolonay, J. AU - Madupu, R. AU - Nelson, W. AU - White, O. AU - Peterson, J. AU - Khouri, H. AU - Hance, I. AU - Chris Lee, P. AU - Holtzapple, E. AU - Scanlan, D. AU - Tran, K. AU - Moazzez, A. AU - Utterback, T. AU - Rizzo, M. AU - Lee, K. AU - Kosack, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Complete genome sequence and comparative analysis of the metabolically versatile Pseudomonas putida KT2440 JO - Environ Microbiol VL - 4 ID - Nelson2002 ER - TY - JOUR AU - Pak, J. W. AU - Knoke, K. L. AU - Noguera, D. R. AU - Fox, B. G. AU - Chambliss, G. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Transformation of 2,4,6-trinitrotoluene by purified xenobiotic reductase B from Pseudomonas fluorescens I-C JO - Appl Environ Microbiol VL - 66 ID - Pak2000 ER - TY - CHAP AU - Palleroni, N. J. ED - Krieg, N. R. ED - Holt, J. G. PY - 1984 DA - 1984// TI - Genus I Pseudomonas Migula 1894 BT - Bergey’s manual of systematic bacteriology. Vol 2 PB - The Williams and Wilkins Co CY - Baltimore, MD, USA ID - Palleroni1984 ER - TY - JOUR AU - Palmer, K. L. AU - Godfrey, P. AU - Griggs, A. AU - Kos, V. N. AU - Zucker, J. AU - Desjardins, C. AU - Cerqueira, G. AU - Gevers, D. AU - Walker, S. AU - Wortman, J. AU - Feldgarden, M. AU - Haas, B. AU - Birren, B. AU - Gilmore, M. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Comparative genomics of Enterococci: variation in Enterococcus faecalis, clade structure in E. faecium, and defining characteristics of E. gallinarum and E. casseliflavus JO - MBio VL - 3 ID - Palmer2012 ER - TY - JOUR AU - Petkau, A. AU - Stuart-Edwards, M. AU - Stothard, P. AU - Van Domselaar, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Interactive microbial genome visualization with Gview JO - Bioinformatics VL - 26 ID - Petkau2010 ER - TY - JOUR AU - Ponraj, P. AU - Shankar, M. AU - Ilakkiam, D. AU - Rajendhran, J. AU - Gunasekaran, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome sequence of the plant growth-promoting rhizobacterium Pseudomonas putida JO - J Bacteriol VL - 194 ID - Ponraj2012 ER - TY - JOUR AU - Ramos, J. L. AU - Duque, E. AU - Huertas, M. J. AU - Dour, A. H. PY - 1995 DA - 1995// TI - Isolation and expansion of the catabolic potential of a Pseudomonas putida strain able to grow in the presence of high concentrations of aromatic hydrocarbons JO - J Bacteriol VL - 177 ID - Ramos1995 ER - TY - JOUR AU - Ramos-González, M. I. AU - Campos, M. J. AU - Ramos, J. L. AU - Manuel Espinosa-Urgel, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Characterization of the Pseudomonas putida mobile genetic element ISPpu10: an occupant of repetitive extragenic palindromic sequences J JO - Bacteriol VL - 188 ID - Ramos-González2006 ER - TY - JOUR AU - Ratledge, C. AU - Dover, L. G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Iron metabolism in pathogenic bacteria JO - Annu Rev Microbiol VL - 54 ID - Ratledge2000 ER - TY - JOUR AU - Ravel, J. AU - Cornelis, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Genomics of pyoverdine mediated iron uptake in pseudomonads JO - Trends Microbiol VL - 11 ID - Ravel2003 ER - TY - JOUR AU - Rehm, B. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Bacterial polymers: biosynthesis, modifications and applications JO - Nat Rev Microbiol VL - 2010 ID - Rehm2010 ER - TY - JOUR AU - Rehm, B. H. AU - Niels Krueger, N. AU - Steinbuechel, A. PY - 1998 DA - 1998// TI - New metabolic link between fatty acid de novo synthesis and polyhydroxyalkanoic acid synthesis: the phaG gene from Pseudomonas putida KT2440 encodes a 3-hydroxyacyl-acyl carrier protein-coenzyme A transferase JO - J Biol Chem VL - 273 ID - Rehm1998 ER - TY - JOUR AU - Rojas, A. AU - Duque, E. AU - Mosqueda, G. AU - Golden, G. AU - Hurtado, A. AU - Ramos, J. L. AU - Segura, A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Three efflux pumps are required to provide efficient tolerance to toluene in pseudomonas putida DOT-T1E JO - J Bacteriol VL - 183 ID - Rojas2001 ER - TY - JOUR AU - Rosson, R. A. AU - Nealson, K. H. PY - 1982 DA - 1982// TI - Manganese binding and oxidation by spores of a marine Bacillus JO - J Bacteriol VL - 151 ID - Rosson1982 ER - TY - JOUR AU - Ruth, K. AU - de Roo, G. AU - Egli, T. AU - Ren, Q. PY - 2008 DA - 2008// TI - Identification of two acyl-CoA synthetases from Pseudomonas putida GPo1: one is located at the surface of polyhydroxyalkanoates granules JO - Biomacromolecules VL - 9 ID - Ruth2008 ER - TY - JOUR AU - Saitou, N. AU - Nei, M. PY - 1987 DA - 1987// TI - The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees JO - Mol Biol Evol VL - 4 ID - Saitou1987 ER - TY - JOUR AU - Schellenberg, J. AU - Links, M. G. AU - Hill, J. E. AU - Dumonceaux, T. J. AU - Kimani, J. AU - Jaoko, W. AU - Wachihi, C. AU - Mungai, J. N. AU - Peters, G. A. AU - Tyler, S. AU - Graham, M. AU - Severini, A. AU - Fowke, K. R. AU - Ball, T. B. AU - Plummer, F. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Molecular definition of vaginal microbiota in East African commercial sex workers JO - Appl Environ Microbiol VL - 77 ID - Schellenberg2011 ER - TY - JOUR AU - Sharma, P. K. AU - Fu, J. AU - Cicek, N. AU - Sparling, R. AU - Levin, D. B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Kinetics of medium-chain-length polyhydroxyalkanoates (mcl-PHAs) production by a novel isolate of Pseudomonas putida LS46 JO - Can J Microbiol VL - 58 ID - Sharma2011 ER - TY - JOUR AU - Sharma, P. K. AU - Fu, J. AU - Zhang, X. L. AU - Fristensky, B. W. AU - Davenport, K. AU - Chain, P. S. G. AU - Sparling, R. AU - Levin, D. B. PY - 2013 DA - 2013// TI - Draft genome sequence of medium-chain-length polyhydroxyalkanoate-producing Pseudomonas putida strain LS46 JO - Genome Announc VL - 1 ID - Sharma2013 ER - TY - JOUR AU - Siguier, P. AU - Perochon, J. AU - Lestrade, L. AU - Mahillon, J. AU - Chandler, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Isfinder: the reference centre for bacterial insertion sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 34 ID - Siguier2006 ER - TY - JOUR AU - Silby, M. W. AU - Cerdeno-Tarraga, A. M. AU - Vernikos, G. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genomic and genetic analyses of diversity and plant interactions of Pseudomonas fluorescens JO - Genome Biol VL - 10 ID - Silby2011 ER - TY - JOUR AU - Silby, M. W. AU - Winstanley, C. AU - Godfrey, S. A. C. AU - Levy, S. B. AU - Jackson, R. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Pseudomonas genome: diverse and adaptable JO - FEMS Microbiol Rev VL - 35 ID - Silby2011 ER - TY - JOUR AU - Singleton, I. PY - 1994 DA - 1994// TI - Microbial metabolism of xenobiotics: fundamental and applied research JO - J Chem Technol Biotechnol VL - 59 ID - Singleton1994 ER - TY - JOUR AU - Taghavi, S. AU - Barac, T. AU - Greenberg, B. AU - Borremans, B. AU - Vangronsveld, J. AU - van der Lelie, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Horizontal gene transfer to endogenous endophytic bacteria from poplar improves phytoremediation of toluene JO - Appl Environ Microbiol VL - 71 ID - Taghavi2005 ER - TY - JOUR AU - Taghavi, S. AU - Garafola, C. AU - Monchy, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genome survey and characterization of endophytic bacteria exhibiting a beneficial effect on growth and development of poplar trees JO - Appl Environ Microbiol VL - 75 ID - Taghavi2009 ER - TY - JOUR AU - Tamura, K. AU - Peterson, D. AU - Peterson, N. AU - Stecher, G. AU - Nei, M. AU - Kumar, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods JO - Mol Biol Evol VL - 28 ID - Tamura2011 ER - TY - JOUR AU - Tang, H. AU - Yao, Y. AU - Wang, L. AU - Yu, H. AU - Ren, Y. AU - Wu, G. AU - Xu, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genomic analysis of Pseudomonas putida: genes in a genome island are crucial for nicotine degradation JO - Sci Rep VL - 2 ID - Tang2012 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Higgins, D. G. AU - Gibson, T. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - CLUSTAL W Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice JO - Nucleic Acids Res VL - 22 ID - Thompson1994 ER - TY - JOUR AU - Tillier, E. R. AU - Collins, R. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genome rearrangement by replication-directed translocation JO - Nat Genet VL - 26 ID - Tillier2000 ER - TY - JOUR AU - Tsuda, M. AU - Minegishi, K. AU - Iino, T. PY - 1989 DA - 1989// TI - Toluene transposons Tn4651 and Tn4653 are class II transposons JO - J Bacteriol VL - 171 ID - Tsuda1989 ER - TY - JOUR AU - Udaondo, Z. AU - Duque, E. AU - Fernández, M. AU - Molina, L. AU - de la Torre, J. AU - Bernal, P. AU - Niqui, J. AU - Pini, C. AU - Roca, A. AU - Matilla, M. A. AU - Molina-Henares, A. AU - Hortencia Silva-Jiménez, H. AU - Gloria Navarro-Avilés, G. AU - Busch, A. AU - Lacal, J. AU - Krell, T. AU - Segura, A. AU - Juan-Luis Ramos, J. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Analysis of solvent tolerance in Pseudomonas putida DOT-T1E based on its genome sequence and a collection of mutants JO - FEBS Lett VL - 586 ID - Udaondo2012 ER - TY - JOUR AU - Varani, A. M. AU - Siguier, P. AU - Gourbeyre, E. AU - Charneau, V. AU - Chandler, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - ISsaga: an ensemble of web-based methods for high throughput identification and semi-automatic annotation of insertion sequences in prokaryotic genomes JO - Genome Biol VL - 12 ID - Varani2011 ER - TY - JOUR AU - Verbeke, T. J. AU - Sparling, R. AU - Hill, J. E. AU - Links, M. G. AU - Levin, D. AU - Dumonceaux, T. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Predicting relatedness of bacterial genomes using the chaperonin-60 universal target (cpn60 UT): Application to Thermoanaerobacter species JO - Syst Appl Microbiol VL - 34 ID - Verbeke2011 ER - TY - JOUR AU - Visca, P. AU - Imperi, F. AU - Lamont, I. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Pyoverdine siderophores: from biogenesis to biosignificance JO - Trends Microbiol VL - 15 ID - Visca2007 ER - TY - JOUR AU - Vodovar, N. AU - Vallenet, D. AU - Cruveiller, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Complete genome sequence of the entomopathogenic and metabolically versatile soil bacterium Pseudomonas entomophila JO - Nat Biotechnol VL - 24 ID - Vodovar2006 ER - TY - JOUR AU - Wang, S. N. AU - Liu, Z. AU - Tang, H. Z. AU - Meng, J. AU - Xu, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Characterization of environmentally friendly nicotine degradation by Pseudomonas putida biotype A strain S16 JO - Microbiology VL - 153 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - Wang, Q. AU - Tappel, R. C. AU - Zhu, C. AU - Nomura, C. T. PY - 2012 DA - 2012// TI - Development of a new strategy for production of medium-chain-length polyhydroxyalkanoates by recombinant Escherichia coli via inexpensive non-fatty acid feedstocks JO - Appl Environ Microbiol VL - 78 ID - Wang2012 ER - TY - JOUR AU - Wiener, M. C. PY - 2005 DA - 2005// TI - TonB-dependent outer membrane transport: going for Baroque? JO - Curr Opin Struct Biol VL - 15 ID - Wiener2005 ER - TY - JOUR AU - Winsor, G. L. AU - Lam, D. K. AU - Fleming, L. AU - Lo, R. AU - Whiteside, M. D. AU - Yu, N. Y. AU - Hancock, R. E. AU - Brinkman, F. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Pseudomonas genome database: improved comparative analysis and population genomics capability for Pseudomonas genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 39 ID - Winsor2011 ER - TY - JOUR AU - Withers, B. E. AU - Ambroso, L. A. AU - Dunbar, J. C. PY - 1992 DA - 1992// TI - Structure and evolution of the XcyI restriction-modification system JO - Nucl Acids Res VL - 20 ID - Withers1992 ER - TY - JOUR AU - Wu, X. AU - Monchy, S. AU - Taghavi, S. AU - Zhu, W. AU - Ramos, J. AU - Van der Lelie, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Comparative genomics and functional analysis of niche specific adaptation in P putida JO - FEMS Microbiol Rev VL - 2011 ID - Wu2011 ER - TY - JOUR AU - Wyndham, R. C. AU - Cashore, A. E. AU - Nakatsu, C. H. AU - Peel, M. C. PY - 1994 DA - 1994// TI - Catabolic transposons JO - Biodegradation VL - 5 ID - Wyndham1994 ER - TY - JOUR AU - Yamamoto, S. AU - Kasai, H. AU - Arnold, D. L. AU - Jackson, R. W. AU - Vivian, A. AU - Harayama, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Phylogeny of the genus Pseudomonas: intrageneric structure reconstructed from the nucleotide sequences of gyrB and rpoD genes JO - Microbiology VL - 2000 ID - Yamamoto2000 ER - TY - JOUR AU - Yu, H. AU - Tang, H. AU - Wang, L. AU - Yao, Y. AU - Wu, G. AU - Xu, P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Complete genome sequence of nicotine-degrading Pseudomonas putida strain S16 JO - J Bacteriol VL - 193 ID - Yu2011 ER - TY - JOUR AU - Zeigler, D. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Application of a recN sequence similarity analysis to the identification of species within the bacterial genus Geobacillus JO - Int J Syst Evol Microbiol VL - 55 ID - Zeigler2005 ER - TY - JOUR AU - Zhou, Y. AU - Liang, Y. AU - Lynch, K. H. AU - Dennis, J. J. AU - Wishart, D. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - A fast phage search tool JO - Nucleic Acids Res VL - 39 ID - Zhou2011 ER - TY - JOUR AU - Zylstra, G. J. AU - McCombie, W. R. AU - Gibson, D. T. AU - Finette, B. A. PY - 1988 DA - 1988// TI - Toluene degradation by Pseudomonas putida F1: genetic organization of the tod operon JO - Appl Environ Microbiol VL - 54 ID - Zylstra1988 ER -